第一階段：基本治療
正確的潔牙是牙周病治療成功的關鍵。首先是日常的清潔，刷牙與使用牙線是需要由專業的醫生或者潔牙士教導訓練的，如果沒有正確的潔牙方法，牙周病的治療效果會打折扣，因此牙周病的專科治療中，最重要的是患者的衛生宣教，維持高標準的口腔清潔。
其次是專業的清潔，醫生用超聲波潔牙機和專用的刮治器徹底清潔牙齒表面與深部的牙結石、牙菌斑及已經被污染的牙齒表面，這樣治療後，牙周組織才能再度緊貼到牙根表面，恢復健康。一般在這個階段需要花費一個多月的治療時間，一遍觀察改善的狀況，再評估需不需要進一步的處理，大多數的牙周病患者經此階段後便已有了滿意的治療結果。
需要特別指出的是，對於一些前牙有嚴重鬆動的患者，常常無法做清潔，原因是鬆動得讓醫生無從入手，更擔心牙齒會在治療中脫落，此時就建議患者選擇使用everstick牙周夾板固定，讓牙齒穩固後再進行清潔，患者的感受會有很大幅度的提高。
第二階段：牙周手術
如果基本治療牙周病尚無法解決問題，手術治療便是第二階段的治療方式。所謂的牙周手術是牙科小手術中的組成部分，原因是基本治療的效果受到醫生技術能力、治療時間、器械選用和牙齒解剖結構等多種因素的影響，所以牙周病手術的目的是為了達到更有效的直觀下達到更完善的清潔，也能評估牙周再生手術的可行性。牙周手術並不需要住院，手術後只要好好維護並不會影響工作，只要避免激烈的運動或勞動即可。
第三階段：維護治療
牙周的維護治療是牙周治療的後續治療，也是牙周治療中非常重要的一環，缺少維護治療就不能稱之為完整的牙周治療，牙周病經過積極的治療後，每隔一段時間便需要做定期回診和保養維護(通常是半年，中重度牙周病患者是2-4個月)，剛治療完的牙周病患者通常都會有很好的菌斑控制，但隨著時間常常有退步，定期的維護和菌斑控制能確保牙周健康並減少復發。
